Formatet i Flashpoint 3 är relativt okomplicerat. Något gruppspel hålls inte överhuvudtaget utan samtliga 16 lag har blivit lottade in i en så kallad "double-elimination bracket".
Formatet innebär att lagen direkt hamnar i ett slutspelsträd bestående av två nivåer — den övre nivån (upper bracket) och den undre nivån (lower bracket). Alla lag börjar på den övre nivån.
Vinner laget sina matcher i den övre nivån stannar laget kvar i upper bracket och får möta andra lag som också vunnit sina matcher. Förlorar laget i upper bracket petas det ner till lower bracket.
När ett lag förlorar en match i lower bracket åker laget ut. Vinner laget i lower bracket tar sig laget vidare i den undre nivån och får möta nästa omgångs förlorare från upper bracket.
För att ta sig hela vägen till final krävs att laget som mest förlorar en match. I finalen ställs det lag som gått igenom hela slutspelet utan att förlora någon match mot det lag som endast har förlorat en match under turneringen.
För en visuell överblick av formatet rekommenderas
Liquipedias turneringsartikel om Flashpoint 3.